Felicitamos al Dr. Román A. Martino y a la Dra. Andrea Smania y a todos sus colaboradores por la reciente publicación en la Revista Nature Communications. Este trabajo surgió como resultado de una colaboración internacional entre el laboratorio liderado por la Dra. Smania de nuestra institución y el laboratorio del Dr. Pablo I. Nikel en la Universidad Técnica de Dinamarca. El Dr. Martino junto al Dr. Daniel Volke, co-autor del trabajo, llevaron adelante los ensayos de este proyecto de colaboración internacional entre ambos grupos.
Resumen
La tecnología de edición de genomas basadas en CRISPR/Cas desde su surgimiento hasta la actualidad se ha vuelto una poderosa herramienta para la ingeniería genética. Actualmente, sin embargo, su uso en microorganismos no tradicionales depende de factores propios de cada huésped que han limitado tanto su eficiencia como el rendimiento. En nuestro trabajo, mitigamos estas limitaciones prácticas mediante el desarrollo de un conjunto de herramientas de ingeniería genómica aplicables en bacterias Gram-negativas. El desafío lo abordamos adaptando un editor de bases que emplea CRISPR-Cas9 fusionado a una deaminasa (APOBEC1) que lleva a cabo ediciones en un solo nucleótido (C·G → T·A) obteniendo una eficiencia >90 %. Junto a este significativo avance, incorporamos el procesamiento del ARN guía mediante la inclusión de la endoribonucleasa Cas6, desarrollando un protocolo simple para el ensamblado de los plásmidos el cual admite un sistema de edición de bases múltiple con una eficiencia >85%. El conjunto de herramientas que desarrollamos para bacterias Gram-negativas se puede emplear para construir y deconstruir fenotipos complejos mediante la edición génica simultánea de >10 genes. La ingeniería genética de un solo paso simplifica la edición en bacterias no convencionales, como son Pseudomonas aeruginosa y Pseudomonas putida, e ilustra la potencialidad de nuestro set de herramientas. Este enfoque supera las limitaciones típicas de las tecnologías anteriores y potencia los programas de ingeniería en bacterias Gram-negativas que hasta ahora estaban fuera de nuestro alcance.
Título
Modular (de)construction of complex bacterial phenotypes by CRISPR/nCas9-assisted, multiplex cytidine base-editing
Link a la publicación: https://www.nature.com/articles/s41467-022-30780-z
Nature Communication, May 2022
DOI 10.1038/s41467-022-30780-z